Родился отец Иоанн 19 октября 1829 года в с. Сура Пинежского уезда Архангельской губернии в семье сельского дьячка Илии Сергиева и его жены Феодоры. При рождении младенец был очень слабым, и родители решили скорее его окрестить, опасаясь смерти ребенка. После крещения Иоанн стал заметно поправляться. Радуясь об улучшении здоровья сына, родители старались привить ему любовь к Богу и молитве.
Детство мальчика прошло в обстановке крайней бедности и нужды. Это привело к тому, что Иоанн рано научился чувствовать чужую боль, сопереживать бедным людям и молиться о них Богу. Вскоре отец устроил его учиться в Архангельское приходское училище. Учеба плохо давалась отроку и он, чувствуя свою беспомощность и одиночество, горячо просил Бога о помощи. И вот, после одной из таких горячих молитв, ночью, мальчика вдруг точно потрясло всего, «точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове», «легко и радостно так стало на душе»: ему ясно представился учитель того дня, его урок, он вспомнил даже, о чем и что он говорил. Чуть засветлело, он вскочил с постели, схватил книги — и обнаружил, что стал читать гораздо лучше, стал хорошо понимать все и запоминать прочитанное. После этого случая Иоанн стал хорошо учиться и окончил училище одним из первых. Затем он закончил Архангельскую Духовную Семинарию и Академию. Учебу в Академии юноша совмещал с работой и весь заработок отправлял матери, так как отец к тому времени уже умер.
В 1855 году Иоанн Сергиев вступает в брак с дочерью протоиерея Кронштадтского Андреевского собора К. Несвитского Елизаветой и принимает сан священника.
Когда отец Иоанн входит в назначенный ему Андреевский собор, то узнаёт в нём собор из своего недавнего сна, в котором он видел себя служащим здесь священником.
Дальнейшее служение о. Иоанна, именуемого впоследствии Кронштадтским, проходит в аскетических подвигах. Он ежедневно совершает Божественную Литургию за которой исповедуется и причащается огромное количество людей, посещает больных, помогает бедным. Население Кронштадта во многом состояло из людей, направленных сюда на административную высылку. Также здесь проживало много чернорабочих, работавших в порту. Эти люди вели нищенское существование, попрошайничали, пьянствовали. Именно к этим людям была обращена проповедь о. Иоанна. Он ежедневно посещал их лачуги, беседовал, помогал материально, молился и ухаживал за больными. «Нужно любить всякого человека и в грехе его и в позоре его, — говорил о. Иоанн. — Не нужно смешивать человека — этот образ Божий — со злом, которое в нем»… С таким сознанием он и шел к людям, всех побеждая и возрождая силою своей истинно пастырской состраждущей любви. Среди этого народа он обрёл любовь и здесь начинает проявляться его дар чудотворения. Вскоре батюшка стал известен всем как человек святой жизни, по молитвам которого совершались многочисленные исцеления и другие чудеса.
На пожертвования о. Иоанн ежедневно кормил тысячу нищих, устроил в Кронштадте замечательное учреждение — «Дом Трудолюбия» со школой, церковью, мастерскими и приютом, основал в своем родном селе женский монастырь и воздвиг большой каменный храм, а в С.-Петербурге построил женский монастырь на Карповке, в котором и был по кончине своей погребен.
Также о. Иоанн успевал делать записи в своём дневнике, куда он записывал свои размышления. Вскоре этот дневник был издан под названием «Моя жизнь во Христе» (1893г.). Основная мысль всех письменных творений о. Иоанна — необходимость истинной горячей веры в Бога и жизни по вере, в непрестанной борьбе со страстьми и похотьми, преданность вере и Церкви Православной как единственно истинной и спасающей.
Отец Иоанн Кронштадтский очень переживал о судьбе Росии, наблюдая те негативные политические течения, которые были в те годы. Подобно пророку, предсказывающему судьбу своего народа, он говорил: «Научись, Россия, веровать в правящего судьбами мира Бога Вседержителя и учись у твоих святых предков вере, мудрости и мужеству… Господь вверил нам, русским, великий спасительный талант православной веры… Восстань же, русский человек!.. Кто вас научил непокорности и мятежам бессмысленным, коих не было прежде в России… Перестаньте безумствовать! Довольно! Довольно пить горькую, полную яда чашу — и вам и России». И грозно прорекает: «Царство Русское колеблется, шатается, близко к падению». «Если в России так пойдут дела и безбожники и анархисты-безумцы не будут подвержены праведной каре закона, и если Россия не очистится от множества плевел, то она опустеет, как древние царства и города, стертые правосудием Божиим с лица земли за свое безбожие и за свои беззакония». «Бедное отечество, когда-то ты будешь благоденствовать?! Только тогда, когда будешь держаться всем сердцем Бога, Церкви, любви к Царю и Отечеству и чистоты нравов».
И как показала последующая история, данное пророчество сбылось в виде кровавой революции с последующими репрессиями и приходом к власти безбожного большевистского режима. В последние годы жизни отец Иоанн сильно страдал от тяжелой болезни, которую переносил с кротостью и терпением. «Благодарю Господа моего за ниспосланные мне страдания для предочищения моей грешной души. Оживляет — Святое Причастие». Скончался батюшка 20 декабря 1908 года, заранее предсказав день своей кончины. Погребение отца Иоанна совершалось многочисленным сонмом духовенства при стечении десятков тысяч людей.
Похоронен батюшка был в церкви-усыпальнице в подвальном этаже, сооруженного им монастыря на Карповке.
На Поместном Соборе Русской Православной Церкви 7-8 июня 1990 года святой праведный Иоанн Кронштадтский был причислен к лику святых, и было установлено совершать его память 20 декабря / 2 января — в день блаженной кончины святого праведника.